Териофауна заповедника изучалась с момента его организации, однако достаточно полная инвентаризация впервые была выполнена П.Б. Юргенсоном и И.А. Юргенсон в 1946—1950 гг. Кроме видов, постоянно встречающихся на территории заповедника, П.Б. Юргенсон включил в список млекопитающих заповедника и его окрестностей северного оленя, росомаху, ондатру, лесную, садовую и орешниковую сонь. Указанные виды сонь были зарегистрированы на территории Калининской области в 30-е годы. В эти же годы в районе заповедника отмечены единичные заходы росомахи. Пребывание северного оленя непосредственно на территории заповедника установлено достоверно. В 1928 г. местным охотником здесь был добыт олень, а в 1938 г. в центральной части заповедника найдены оленьи рога. В конце 30-х годов неоднократно встречали ондатр в охранной зоне на р. Ночной. С 1960 по 1984 г. ни один из этих видов не зарегистрирован ни в заповеднике, ни в его окрестностях.
В настоящее время в заповеднике обитают 55 видов, относящихся к 40 родам, 18 семействам, 6 отрядам.
Насекомоядные
Из насекомоядных в заповеднике обитают обыкновенный еж, европейский крот, обыкновенная, малая, средняя, равнозубая и крошечная бурозубки. Крот обычен в луговых ассоциациях.

Европейский крот |

Малая бурозубка |

Обыкновенный еж |
Наиболее многочисленна обыкновенная бурозубка, численность которой во всех типах лесов значительно выше остальных видов бурозубок. Малой землеройке обычно принадлежит роль субдоминанта, но при экстремальных условиях она доминирует. Численность средней бурозубки значительно ниже, чем обыкновенной. Она встречается во всех типах леса и на вырубках, часто доминирует среди других видов землероек (в бореальных ельниках и особенно сфагновых). Обыкновенная кутора, равнозубая и крошечная бурозубки малочисленны. Кутора, кроме того, характеризуется спорадическим распространением. Резкое снижение численности землероек вызывают высокий уровень верховодки, холодное и дождливое лето, малоснежная и суровая зима, холодная затяжная весна.
Соотношение видов землероек меняется по годам и сезонам — в неморальных ельниках доминируют западные палеаркты (обыкновенная и малая бурозубки), в бореальном, при депрессии численности обыкновенной бурозубки, доминирует восточный палеаркт — средняя бурозубка.
Рукокрылые
В заповеднике обитает 7 видов гладконосых летучих мышей: лесной нетопырь, двухцветный кожан, ночница Брандта, водяная ночница, рыжая вечерница, бурый ушан и северный кожанок.

Лесной нетопырь |

Рыжая вечерница |

Двухцветный кожан |

Водяная ночница |

Бурый ушан |

Ночница Брандта |
|